辦理入臺證於兩個月前申請，因大陸地區的人民，收到入臺證後尚須持此證辦理大陸地區居民往來臺灣通行證(大通證)，大通證辦理時間應約一個月，且須保留相關文件作業時間，故宜儘早申請。
- 進入「大陸地區人民申請來臺從事專業參訪線上申辦」網站，登入帳號。
- 選擇「線上申辦」→「專業申請資料匯入」
- 選擇申請事由，並輸入預定入境與出境日期（注意！請依照「活動計畫書及行程表」所寫行程填入，否則會退件），匯入資料時請保持範本格式無誤，修改格式會導致上傳失敗（請使用「入臺證批次上傳表.xls」）
- 確認申請資料上傳完畢後，由「線上申請」→「專業人士參訪申請」→「案件瀏覽」進入，填寫送件人資料（送件人即為系所承辦人），之後便可逐一上傳、填寫團員資料（請使用「入臺證線上申請表.xlsx」索取來臺人士之完整資料）
如出現「目前系統流量過多，請稍候再試」則為上傳失敗，請見「常見問題」中「資料送件」，檢查上傳檔案是否有誤。
- 以短期交流為例，填妥資料後須上傳委託書、保證書及活動計畫書及行程表。
注意！預定出入境時間需與行程表相符，上傳檔案只接受圖檔（瀏覽→選擇檔案，無須按掃描），檔案完整後按「下一步並儲存本頁」
- 點選「編輯團員名冊」，請一一確認團員名冊填寫無誤，並於需檢附文件處上傳「居民身分證影本」，「相關專業造詣或職務證明」請上傳如：在學證明、入學許可、邀請函等證明文件。
如為居住在第三地之人士(含港、澳、國外)，無論是否為大陸地區所發護照，在「證照資料」欄位皆需填寫護照號碼。
若資料尚未齊全，請選擇「資料暫存」；填寫完整請選擇「資料儲存」，如果網頁仍停留在資料填寫頁面，代表仍有資料未填寫完成，系統將以紅字標註未完成項目。(建議填寫過程中可多次暫存資料，以免畫面停留過久，系統在按下按鈕時會自動返回首頁，導致資料遺失)
- 確認「資料完成度」皆為「佳」即可送出申請。
- 送出申請需認證自然人憑證。〈系統會直接跳轉〉
若沒有出現「登入」按鈕，請參見「常用問題」按照步驟解決，即可登入。
- 登入後無需進行「申請成為會員」等動作，只要回到申請網頁，於「優先處理事項」區，出現如下圖「身分審核中」字樣，即為成功送出。
